Nel 1996 Papa Giovanni Paolo II lo nomina Pro-Prefetto della Congregazione per il Clero. Ne diviene Prefetto nel 1998 quando lo stesso Papa Wojtyla lo crea cardinale di Santa Romana Chiesa, assegnandogli la diaconia del Santissimo Nome di Maria al Foro Traiano.
Papa Benedetto XVI accetta la rinuncia presentata per raggiunti limiti nell’ottobre 2006: gli succede come Prefetto della Congregazione per il Clero il Cardinale brasiliano Claudio Hummes.
Tra il 2007 e il 2008 è stato Cardinale protodiacono.
Dal 2000 al 2009 è stato Presidente della Pontificia Commissione Ecclesia Dei. La Commissione - che si occupa del rientro nella Chiesa Cattolica dei membri della Fraternità sacerdotale San Pio X. La Commissione è stata accorpata da Benedetto XVI alla Congregazione per la Dottrina della Fede attraverso il Motu Proprio Ecclesiae Unitatem proprio allo scadere del mandato del Cardinale Castrillon Hoyos.
Nel telegramma di cordoglio il Papa lo ricorda per il "suo generoso servizio", in particolare per la "sua preziosa collaborazione da lui prestata alla Santa Sede in modo particolare come Prefetto della Congregazione per il Clero e Presidente della Pontificia Commissione Ecclesia".
articolo aggiornato alle ore 11.30 con il telegramma di cordoglio del Santo Padre
Sabato 19 maggio 2018, alle ore 14.30, all’Altare della Cattedra della Basilica Vaticana, avranno luogo le Esequie del Cardinale Darío Castrillón Hoyos. La Liturgia Esequiale sarà celebrata dal Cardinale Sodano, Decano del Collegio Cardinalizio,Al termine della Celebrazione Eucaristica, il Santo Padre Francesco presiederà il rito dell’Ultima Commendatio e della Valedictio.
articolo aggiornato alle ore 12 con la pubblicazione del bollettino
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