La Santa Sede, convinta che una soluzione federale sarebbe stata auspicabile, sceglie però un atteggiamento di prudenza e il rispetto della autodeterminazione dei popoli, il rispetto dei diritti della persona e delle comunità nazionali, il rifiuto del ricorso alla forza per risolvere le controversie, la ricerca del dialogo tra le Parti, il ristabilimento di una pacifica convivenza tra i popoli della Jugoslavia, nel reciproco rispetto e nella giustizia.
Ma quando il 25 giugno del 1991 Croazia e Slovenia proclamano la loro indipendenza dall'allora Federazione Jugoslava l’esercito jugoslavo reagisce. La Santa Sede inizia una maratona diplomatica con la Chiesa Ortodossa serba e lo stato jugoslavo e il 5 settembre 1991 Giovanni Paolo II indice una Giornata Mondiale di Preghiera per la pace in Jugoslavia, poi scrive una lettera a Pavle, Patriarca della Chiesa Ortodossa Serba. Ma la “frantumazione” della Jugoslavia lascia poca speranza ad una soluzione negoziale.
A novembre la Santa Sede tramite il Segretario di Stato, Angelo Sodano, consegna agli Ambasciatori dei paesi membri della O.S.C.E. un Memorandum che ricorda come la costituzione preveda la soluzione federale. Ma ormai è solo un susseguirsi di date di dichiarazione di indipendenza: il 19 dicembre 1991 I serbi della Croazia (regione della Krajina) dichiarano la loro indipendenza; il 21 dicembre 1991 I serbi della Bosnia-Herzegovina proclamano la loro indipendenza. A settembre del 1991 l'ONU empie un embargo sulla vendita di armi a tutti i contendenti.
Il 13 gennaio 1992 la Santa Sede riconosce la Croazia e la Slovenia; il 3 marzo 1992 viene proclamata l'indipendenza della Bosnia ed Erzegovina e ad aprile inizia l'assedio dei serbo-bosniaci contro Sarajevo, a luglio inizia il ponte aereo internazionale a sostegno di Sarajevo, ad agosto la Santa Sede riconosce la Bosnia ed Erzegovina. A settembre la Jugoslavia viene estromessa dall'Assemblea Generale dell'ONU.
Giovanni Paolo II e la diplomazia vaticana sanno che le violenze non basteranno e il p gennaio indice a d Assisi un incontro interreligioso di preghiera per la pace in Europa ed in particolare nei Balcani, indetta da Giovanni Paolo II.
A febbraio Giovanni Paolo II scrive una intensa lettera all'Arcivescovo di Sarajevo per essere di sostegno alle donne bosniache violentate dai serbi, perché non abortiscano. E’ la pulizia etnica: "Quali immagini di Dio quelle nuove creature dovranno essere accettate ed amate come qualsiasi membro della famiglia umana" , le parole del Papa sono un estremo tentativo di pace di fronte alla mostruosità della guerra. Poco dopo il Consiglio di Sicurezza dell'ONU istituisce il Tribunale Penale Internazionale contro i crimini di guerra nella ex Jugoslavia.
Giovanni Paolo II continua la sua battaglia per la pace e l’ 11 marzo 1993 invia un testo autografo al Segretario Generale dell'ONU, Boutros-Ghali e il 23 gennaio 1994 indice ancora una Giornata di Preghiera per la pace nei Balcani, preceduta da digiuno, accende una lampada che verrà conservata nella Basilica di S. Pietro: “Non siete abbandonati. Siamo con voi; sempre più saremo con voi”.
Intanto si muove anche la politica internazionale e a Washington si firma un accordo per far nascere la Federazione della Bosnia-Herzegovina croato-musulmana.
Ma il grande desiderio del Papa è quello di andare dalla gente di Sarajevo, di essere fisicamente con le donne che piangono i morti. L’ 8 settembre 94 la visita sembra pronta ma viene annulla a causa della "mancanza delle garanzie sufficienti per la sicurezza della popolazione che avrebbe desiderato incontrare il Papa e per evitare che la visita possa essere male compresa ed aumentare le tensioni". Il Papa decide di celebrare la messa per la pace a Castel Gandolfo e la tv la trasmette anche verso Sarajevo. Il Papa legge il testo preparato per il viaggio: “La spirale delle colpe e delle pene non si chiuderà mai, se ad un certo punto non si arriva al perdono. Perdonare non significa dimenticare. Se la memoria è legge della storia, il perdono è la potenza di Dio, potenza di Cristo che agisce nelle vicende degli uomini e dei popoli”. A fine 94 il Papa riesce a visitare Zagabria e Vinko Pulci, arcivescovo di Sarajevo viene creato cardinale da Giovanni Paolo II nel concistoro di novembre.
Ma la guerra è molto lontana dall’ essere conclusa. Le milizie serbo-bosniache assassinano più di 8mila profughi musulmani bosniaci, uomini e ragazzi, a Srebrenica, enclave allora protetta dall’Onu nella Bosnia orientale. E’ un vero genocidio come dichiarerà poi il Tribunale penale internazionale per i crimini di guerra nella ex Jugoslavia. Il 17 ottobre 1995 il Papa chiama in Vaticano i vescovi di Bosnia ed Erzegovina, Croazia, Repubblica Federale di Jugoslavia, ex-Repubblica Jugoslava di Macedonia, e Slovenia. Intanto a Dayton negli Stati Uniti si firmano i primi accordi di pace. Ma Giovanni Paolo II deve attendere ancora due anni per poter finalmente visitare Sarajevo. In due giorni, il 12 e il 13 aprile del 1997 pronuncia 11 discorsi. “Mai più la guerra, mai più l'odio e l'intolleranza! Questo ci insegna il secolo, questo il millennio che stanno ormai per concludersi.” E guarda al futuro perché “la diversità è ricchezza, quando diviene complementarietà di sforzi al servizio della pace, per l'edificazione di una Bosnia ed Erzegovina veramente democratica."
Bisogna attendere il 2015 perché il Tribunale Penale Internazionale per i crimini di guerra nella ex Jugoslavia dell’Aja confermi che la strage di Srebrenica, compiuta dalle milizie serbe poco prima della fine della guerra, fu genocidio.
Ai vescovi della Bosnia Erzegovina ricevuti il 16 marzo Papa Francesco non parla della guerra passata, ma delle difficoltà dell’oggi, della gente che va via per cercare lavoro e stabilità lasciandosi alla spalle “l’instabilità delle famiglie, la lacerazione affettiva e sociale di intere comunità, la precarietà operativa di diverse parrocchie, le memorie ancora vive del conflitto, sia a livello personale che comunitario, con le ferite degli animi ancora doloranti.”
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Per questo il Papa va a Sarajevo, per far rinascere la speranza e dare il coraggio di una nuova capacità di convivenza tra fedi ed etnie diverse.