Dal 7 al 13 giugno 1993 a Siviglia, in Spagna, si svolse il 45/mo Congresso Eucaristico Internazionale. Il Papa inviò come Legato il Cardinale Nicolás de Jesús López Rodríguez, Arcivescovo di Santo Domingo. Christus lumen gentium. Eucaristia ed evangelizzazione, il tema scelto per questa edizione del congresso. Nell’ambito del viaggio apostolico in Spagna, Giovanni Paolo II volle essere presente. “Tutti insieme – disse il Papa nell’omelia della Messa conclusiva - formiamo una grande famiglia nella fede della Chiesa, Una, Santa, Cattolica e Apostolica. Si realizza così il mistero dell'unità della Chiesa, che ha come centro e culmine l'Eucaristia: uno è il pane e noi, pur essendo molti, formiamo un solo corpo, perché tutti mangiamo lo stesso pane. Qui a Siviglia, tutta la Chiesa vuole prostrarsi nel raccoglimento davanti al mistero eucaristico”. 

Anche il 46/mo Congresso Eucaristico Internazionale fu celebrato in Europa: questa volta in Polonia, a Wroclaw, dal 25 maggio al 1° giugno 1997. Il Legato scelto dal Papa fu il Cardinale Angelo Sodano, Segretario di Stato. Giovanni Paolo II iniziò il viaggio apostolico in Polonia proprio da Wroclaw per la conclusione del congresso. L’Eucaristia – disse il Papa nell’omelia – “contiene in sè tutta la potenza della Redenzione operata da Cristo. Per vivere l'uomo ha bisogno del cibo e della bevanda. Per raggiungere la vita eterna l'uomo ha bisogno dell'Eucaristia. Questo è il cibo e la bevanda che trasforma la vita dell'uomo e gli schiude davanti l'orizzonte della vita eterna. Consumando il Corpo e il Sangue di Cristo l'uomo, già qui in terra, porta in sè il germoglio della vita eterna, poichè l'Eucaristia è il sacramento della vita in Dio”.

Il Congresso Eucaristico Internazionale n. 47 si svolse nell’ambito del Grande Giubileo del 2000 a Roma dal 18 al 25 giugno e venne presieduto da Giovanni Paolo II stesso. Gesù Cristo unico Salvatore del mondo, pane per la nuova vita, il tema scelto per questo congresso. “L'Eucaristia – spiegò il Papa nell’omelia della Messa conclusiva davanti a 30mila persone in Piazza San Pietro - è dono infinito d'amore: sotto i segni del pane e del vino riconosciamo ed adoriamo l'unico e perfetto sacrificio di Cristo, offerto per la salvezza nostra e dell'intera umanità. L'Eucaristia è realmente il mistero che riassume tutte le meraviglie operate da Dio per la nostra salvezza. Nel Cenacolo è nata e rinasce continuamente la fede eucaristica della Chiesa. Mentre il Congresso Eucaristico si avvia ormai alla sua conclusione, vogliamo spiritualmente ritornare a queste origini, all'ora del Cenacolo e del Golgota, per rendere grazie del dono dell'Eucaristia, dono inestimabile che Cristo ci ha lasciato, dono di cui vive la Chiesa”.

Il 48/mo Congresso Eucaristico Internazionale è l’ultimo a svolgersi durante il pontificato di Giovanni Paolo II: l’assise ebbe luogo in Messico, a Guadalajara, dal 10 al 17 ottobre 2004. Il Papa inviò come Legato il Cardinale Jozef Tomko, Presidente del Pontificio Comitato per i congressi eucaristici internazionali. Giovanni Paolo II non riuscì a prendere parte di persona al congresso a cause delle condizioni di salute in costante peggioramento. Contemporaneamente alla conclusione del congresso, Giovanni Paolo II a Roma apriva l’Anno dell’Eucaristia. All’Angelus del 17 ottobre 2004 il Papa ricordò che “nella città messicana di Guadalajara si conclude oggi il Congresso Eucaristico Internazionale. Per otto giorni l’Eucaristia è stata celebrata e adorata quale luce e vita del nuovo millennio. Luce, perché nel mistero eucaristico si irradia la presenza di Cristo, Luce del mondo; vita, perché nell’Eucaristia Gesù ci ha donato se stesso, Pane della vita. L’Anno dell’Eucaristia vuole essere un tempo forte di incontro con Cristo, presente nel Sacramento del suo Corpo e del suo Sangue. In questo mistero, Egli attualizza sacramentalmente il suo Sacrificio pasquale, che ha redento l’umanità dalla schiavitù del peccato ed ha instaurato il Regno divino di amore, di giustizia e di pace”.