Nel corso degli anni, l’edificio del seminario ebbe varie destinazioni dopo la chiusura forzata ad opera dei bolscevichi nel 1918. A partire dal 1919, la situazione peggiorava costantemente, e allora si formò un seminario segreto.
Nel marzo 1923 furono arrestati l'arcivescovo Giovanni Tseplyak e altri 14 sacerdoti di Pietrogrado, tra cui il rettore del seminario, Antonio Maletsky, con l’accusa di attività controrivoluzionarie.
Dopo l'arresto dei sacerdoti e la chiusura delle chiese, le classi del seminario furono trasferite nell'appartamento del nuovo rettore, padre Michail Rutkovskij. Tuttavia, questi fu presto arrestato.
La maggior parte dei seminaristi andò in Polonia nel 1923-24, solo due - Julian Tsimashkevich e Boleslav Yurevich - completarono il corso e furono ordinati segretamente nell'aprile 1926 dall'unico vescovo cattolico dell'URSS, il 77enne Anthony Zerr.
Padre Julian fu quasi immediatamente arrestato a Mosca e padre Boleslav fu per due anni rettore di tre chiese di San Pietroburgo, ma nell'ottobre 1929 fu arrestato anche lui. Entrambi i preti furono fucilati.
Nel maggio 1926, l'inviato vaticano, il vescovo Michel d'Herbigny, che si trovava in URSS, incontrò il presidente della commissione per gli affari religiosi del Commissariato popolare di giustizia, Smidovich, uno dei risultati della conversazione fu un accordo orale per l'apertura corsi teologici per la formazione dei sacerdoti a Odessa.
Nella primavera del 1930, i seminaristi furono arrestati con l'accusa di aver organizzato un'organizzazione giovanile cattolica polacca nazionalsciovinista e condannati a tre anni di campo. Tuttavia, l'ordinazione sacerdotale a Leningrado ebbe comunque luogo. Due studenti del seminario segreto di Kiev, Józef Kowalski e Andrzej Rybaltowski, furono ordinati segretamente il 4 dicembre 1928 dal vescovo Anthony Malecki. Un anno dopo furono arrestati in Ucraina. Hanno sparato al prete Kowalski e a p. Rybaltovsky fu esiliato in Siberia.
La successiva ordinazione nella città di San Pietro ebbe luogo solo 64 anni dopo. Il 19 maggio 1993, l'Amministratore Apostolico dei Cattolici della Russia Europea, l’arcivescovo Kondrusiewicz, ha ordinato diacono Romuald Leszek Schakal, OFM, al sacerdozio nella Chiesa di Nostra Signora di Lourdes. Sempre nel 1993, il 29 giugno, l'arcivescovo Tadeusz Kondrusiewicz ha firmato un decreto che istituisce il Seminario teologico superiore “Maria - Regina degli Apostoli” a Mosca. Ne fu nominato rettore padre Bernardo Antonini.
Il Seminario Teologico Superiore è stato inaugurato il 1 settembre 1993 con una messa solenne, durante la quale l’arcivescovo Kondrusiewicz ha detto: “Il Seminario è il cuore della diocesi, e oggi questo cuore ha cominciato a battere”. Al primo corso sono stati iscritti 18 seminaristi provenienti da Russia, Bielorussia e Kazakistan.
Dopo due anni senza un edificio proprio, nella primavera del 1995, il sindaco di San Pietroburgo, Anatoly Sobchak, decise di restituire alla Chiesa l'edificio del Seminario Teologico Cattolico e della Cattedrale dell'Assunzione della Beata Vergine Maria.
La prima ordinazione sacerdotale dei diplomati del Seminario teologico superiore di San Pietroburgo Gennady Rabihanukaev, Sergei Timashov e Vladimir Timoshenko è stata celebrata dall'arcivescovo Tadeusz Kondrusiewicz in occasione della celebrazione della Discesa dello Spirito Santo il 23 maggio 1999 nella cattedrale della Assunzione della Beata Vergine Maria.
Nel suo discorso durante l'ordinazione, Kondrusiewicz ha detto: "Il giorno in cui esiste il seminario è arrivato. Ci saranno nuove ordinazioni, ma questa è la prima, che non si ripeterà mai più. Questa è una grande festa per il seminario e per tutta la Chiesa in Russia - un evento di importanza storica, che testimonia la rinascita spirituale del Paese."
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