La chiesa è particolarmente legata ai francescani:
“Sisto IV essendo stato dell’ordine di san Francesco, il quale tiene questa chiesa, vi rifece la tribuna. Ne i medesimo tempi il Cardinal Giuliano della Rovere, nipote di esso Sisto, che fu poi Papa Giulio II, di nuovo riparò la chiesa de’ santi Apostoli da fondamenti, si come è scritto nella faccia, che è di dentro incontro alla porta.
“Dinanzi a questa Chiesa,” contiu Ugonio, “è uno spatioso portico di trevertino, fattovi dal detto Cardinal Giuliano.”
“Esssa Chiesa,”, dice Ugonio,, “è come dice Papa Adriano primo, di maravigliosa grandezza.”
Ugonio, che vive ai tempi di Sisto V, nota la presenza di “un bellissimo organo fattovi fare al tempo di Papa IIII dal presente Pontefice Sisto V che allhora con carico principale governava il luogo.”
“Qui,” continua Ugonio, “ è Statione & remissione de peccati il Giovedì fra l’ottava di Pasqua, il Venerdì dopo la Domenica di Pentecoste, et tutte le feste fere de quattro tempi, si come è questa di hoggi, nel qual giorno si facevano in questa chiesa, secondo n antica & solenne cerimonia, i scrutini di quelli che si havevano da ordinare, i quali poi il dì seguente andavano a ordinari a S. Pietro, & però similmente tutti i Sabbati de quattro tempo è la Statione a S. Pietro.”
“Sotto l’altar maggiore,” racconta Ugonio “vi sono i corpi de Santi Apostoli Filippo, & Iacomo il minore. Sotto la crate di ferro, che è nel mezzo della chiesa, vi sono i corpi di quindeci santi Martiri.”
Tra le tante reliquie, Ugonio racconta che che c’è “un piede in carne & ossa di S. Filippo Apostolo, quale Christo nostro Signore lavò, asciugò, & baciò, nella cena del Giovedì Santo, il corpo del quale S. Filippo è sotto l’altare maggiore.”
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