Intrapresa la carriera accademica, in qualità di professore di diritto comune e di storia del diritto nel medesimo ateneo è chiamato ad essere Decano della Facoltà di diritto civile fino alla scomparsa.
Dal 2005 al 2008, vista la competenza maturata, è nominato Promotore di giustizia presso la Rota romana.
Nel 2007 è superiore della comunità cistercense dei Santi Vincenzo e Anastasio a fontana di Trevi.
Il 28 febbraio 2008 Papa Benedetto XVI lo nomina Sottosegretario della Congregazione per gli Istituti di vita consacrata e le società di vita apostolica e dal 2018 ricopre l'incarico di Referendario presso il Supremo Tribunale della Segnatura Apostolica. Dall'anno successivo assume anche l'incarico di Promotore di giustizia.
Papa Francesco il 21 gennaio 2021 lo nomina consultore del Pontificio consiglio per i testi legislativi con speciale competenza per il diritto della chiesa latina.
Autore di moltissimi contributi in tema di diritto monastico e canonico nel corso della propria attività ha svolto con cura e disponibilità le sue funzioni al servizio della comunità ecclesiale.
Tra i molti interventi ai convegni ed alle conferenze alle quali era invitato si ricorda quello presso l'Ateneo Antonianum di Roma, nel 2018, nel quale approfondì il tema della consacrazione religiosa, evidenziando come ius sequitur vitam.
L'Arcivescovo di Trani-Barletta-Bisceglie monsignor Leonardo D'Ascenzo, che ebbe modo di conoscere padre Paciolla quale compagno di studi, nel proprio messaggio di cordoglio alla famiglia lo ricorda come un religioso mite e di profonda spiritualità.
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