Nel gennaio 1953 venne creato Cardinale di Santa Romana Chiesa, del titolo di Santa Maria in Trastevere.
Nel settembre successivo le autorità comuniste polacche scatenarono una vera persecuzione contro la Chiesa Cattolica. Il Cardinale Wyszyński venne posto ai domiciliari e rilasciato soltanto nell'ottobre 1956.
Una volta rilasciato tornò ad assumere la guida della Conferenza Episcopale Polacca, incarico mantenuto fino alla morte nel 1981.
Da sempre grando amico del Cardinale Karol Wojtyla, Arcivescovo di Cracovia, si spese per la sua elezione a Romano Pontefice nel conclave dell'ottobre 1978.
Il Cardinale Wyszyński morì il 28 maggio 1981: Giovanni Paolo II, ricoverato al Gemelli in seguito all'attentato, non potè prendere parte alle esequie del porporato ma ne ricordò la figura in una lettera inviata ai polacchi.
Citando il discorso tenuto nella Cattedrale di Varsavia durante il primo viaggio apostolico in Polonia, Giovanni Paolo II ribadiva che “il Cardinale primate è divenuto... una chiave di volta. Chiave di volta è ciò che forma l’arco, ciò che rispecchia la forza delle fondamenta dell’edificio. Il Cardinale primate manifesta la forza del fondamento della Chiesa che è Gesù Cristo. In ciò consiste la sua forza. Il Cardinale primate insegna, da più di trenta anni, che questa forza la deve a Maria, Madre di Cristo. Tutti sappiamo bene che grazie a Maria si può far risplendere la forza di quel fondamento, che è Cristo, e che si può efficacemente diventare chiave di volta della Chiesa. Questo insegna la vita e il mistero del primate di Polonia. È Lui la chiave di volta della Chiesa di Varsavia e la chiave di volta di tutta la Chiesa di Polonia. In ciò consiste la provvidenziale missione, che Egli svolge da più di trent’anni. Voglio esprimere questo agli inizi del mio pellegrinaggio, qui, nella Capitale della Polonia, e desidero ancora una volta, con tutta la Chiesa e la Nazione, ringraziarne la Santissima Trinità”.
Nel 1989 - 8 anni dopo la morte - è stata aperta la causa di beatificazione. Il 18 dicembre 2017 è stato proclamato venerabile, e due anni dopo Papa Francesco ha autorizzato la Congregazione per le Cause dei Santi a promulgare il decreto riguardante un miracolo attribuito al venerabile Cardinale Stefan Wyszyński dando il via libera alla beatificazione che avrà luogo il 12 settembre 2021.
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