Trascorso, con adamantina pietà, il noviziato nel 1568, professa i voti religiosi e nel 1576 è ordinato sacerdote.
I superiori, accortosi delle non comuni doti di pietà ed intelligenza del religioso, dopo un periodo di studi presso diversi conventi fra cui quello di Rimini e Venezia, nella celebre Università di Padova, prende il titolo di lettore in teologia. Correva l'anno 1581.
La sua vita è da subito caratterizzata da grande fede, amore alla penitenza e dedizione agli altri.
Per i suoi talenti, è professore di teologia a Sulmona, più volte superiore di comunità e maestro dei novizi nel convento di San Felice di Giano, in Umbria. In questo ruolo si dimostra paterno, solerte e sempre animato dalla vera carità nella formazione dei giovani a lui affidati.
E' devoto, pio e vive la vita di Dio spesso assorto in preghiera. Sentendo l'originale chiamata degli eremiti, nel 1594 chiede al Padre generale di poter vivere in un eremo in preghiera. E' la scelta di Castelfidardo poi asseverata anche a Malavalle, nella diocesi di Grosseto, in Maremma.
La sua vita eremitica, però, è eccezionale: vive separato dal mondo, ma predica e amministra i sacramenti.
Cosa da sottolineare: nel suo eremo accoglie i poveri ed i sofferenti. Per loro si fa samaritano, raccogliendo il testimonio del celebre racconto evangelico. Per il suo zelo ed il suo amore ai fratelli, è chiamato l'apostolo della Maremma.
Il clero e le persone del luogo dicevano che padre Giovanni:”era ritenuto santo da tutti”.Ciò è indubitabile.
In questa terra fu un vero apostolo. Predicò in diverse località, tra cui Sassofortino e Tirli. Leggendo la biografia del venerabile, si scopre, come le persone, al suo arrivo, raggiungessero in massa il luogo della sua predicazione, per ascoltare la parola che salva. Numerose e sincere le conversioni operate.
Di carattere meditativo e profonda umiltà, ama la gente e per loro spende il suo giorno con moltissimi prodigi, tra cui la guarigione di diverse persone tra cui quella di un bambino, a Malavalle, dopo essersi raccolto in devota orazione.
A Montiano, dopo aver pregato nella chiesa parrocchiale fermò una grave epidemia che aveva seminato diverse morti nel paese.
Questi fatti sono stati raccolti negli Atti del processo di beatificazione e confermano la grande opera di bene, fatta dal sacerdote in quelle località.
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E' paziente e pieno di carità:soccorre ed interviene affidando tutto nella mani del Padre celeste.
Anche dopo la sua morte si raccolsero numerose testimonianza sulla vita di fra Giovanni da San Guglielmo e tutte confermarono la fede e la prodigiosità del suo rapporto con Dio, in soccorso dei fratelli nel bisogno e nella malattia. Ciò testimonia l'affetto e la devozione che la popolazione tributò al religioso.
Entrato negli Agostiniani Scalzi, che riunirono parte della Eremitani di Sant'Agostino, spirò il 14 agosto 1621 a Batignano, in provincia di Grosseto, guardando al cielo nel quale venne accolto dal buon Gesù e dal Santo Padre Agostino.
E' venerabile dal 1770.