Il 21 luglio del 1773 Clemente XIV sciolse la Compagnia e iniziarono le chiusure di oratori e istituti.
Ma era solo la vigilia di un nuovo inizio. Il clero secolare di Roma si domandava perché pagare le tasse per il mantenimento dei seminaristi e si fecero un po’ di conti su beni del Seminario. Finalmente il agosto del 1774 il cardinale Vicario aprì i concorsi per i nuovi seminaristi.
Nell’ Anno Santo del 1775 dieci seminaristi seguono la tradizione e vanno a celebrare il Giubileo a San Giovanni in Laterano.
Arrivano nuovi educatori e gestori scelti tra il clero romano, e la Cappella di Santa Rosalia dove i seminaristi pregano sempre ottiene la indulgenza plenaria.
Inizia una formazione più strutturata ed adeguata al secolo. Nel 1780 Pio VI in visita al Seminario potè valutare la crescita del numero di cattedre e di corsi.
I seminaristi erano sempre parte delle vita religiosa della città. Erano alle rogazioni di San Marco, al Corpus Domini, pregavano per i cardinali malati.
Intanto incombeva su Roma lo spettro del dominio francese che avrebbe portato il Papa prigioniero a Parigi. Nel 1790 divenne rettore don Andrea Lauri e vicario della diocesi nel 1795 Giulio Maria della Somaglia. Furono loro ad affrontare la chiusura del Seminario.
Il 10 febbraio del 1798 il Governo dello Stato Pontificio fu dissolto dagli occupanti francesi, e il 15 venne proclamata la Repubblica Romana, il Papa era in esilio.
Della Somaglia scese in strada a sedare la rivolta contro i francesi, ma per fortuna il governo giacobino capì che non si potevano impedire le celebrazioni liturgiche a Roma. E non venne chiuso nemmeno il Seminario. Ci furono ordinazioni nel 1798 e nel 1799 anche se il Seminario venne sempre controllato con inchieste patrimoniali e limitazioni.
Il Seminario resse l’urto francese anche se il rettore doveva sempre comunicare ogni dettaglio alle autorità civili. Ma nel settembre del 1799 arrivò l’ordine di chiusura del Seminario. Ma il 30 settembre i napoletani entrarono a Roma e il provvedimento fu sospeso.
Ma intanto il Papa Pio VI era morto in esilio il 29 agosto del 1799, e l’arrivo di Pio VII eletto in un conclave a Venezia diede nuove speranze a Roma e al Seminario.
La pace durò poco e nel 1809 il Papa fu esiliato e Napoleone chiuse conventi ed oratori. I seminaristi dovevano vestire da laici e solo nel 1812 ottennero la possibilità di tornare all’abito ecclesisatico. Si doveva giurare allo Stato, altra questione da risolvere ma il Seminario resistette.
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Finalmente il 24 maggio del 1814 Pio VII tornò a Roma. Una città sfigurata dal dominio francese e il Papa il 9 luglio del 1814 si recò a San Carlo al Corso per celebrare i suffragio per i sacerdoti morti in esilio.
Era iniziata la restaurazione a Roma e nel 1820 Pio VII nominò Annibale della Genga Vicario di Roma e si aprì una nuova era.
E tale fu per tutto il pontificato di Leone XII, un Papa profondamente legato al suo Seminario anche dal punti di vista affettivo. Il 10 febbraio del 1929 quando morì il Papa i suoi seminaristi si riunirono in preghiera.
Nel 1837 fu la epidemia di colera a scuotere Roma. 5400 i morti e i seminaristi iniziano a pregare la immagine della Madonna della Fiducia cui si votarono che era stata trasferita dal Collegio Romano nel 1824 ed era legata ad una santa suora morte nel 1744. In Seminario arriva una copia dell’ originale in rame e durante l’epidemia i seminaristi si votano a Lei. I giovani e le famiglie furono salvi e sciolsero il voto con una lampada e dei rosari d’oro.
Si arriva a Papa Mastai Ferretti. Anche Pio IX era legatissimo al suo Seminario e lo rese sempre più moderno ed efficiente nella formazione, ma i tempi erano travagliati. Tra il ’48 e il ’49 Roma ancora una volta era in rivolta. Atti vandalici e saccheggi costrinsero i gesuiti a lasciare il Collegio Romano e nel 1849 il Seminario fu attaccato, anche se in parte trasferito in diverse sedi.
Poi il 2 luglio del ’49 i francesi che ora erano sostenitori del Papa, entrarono a Roma. I gesuiti tornarono al Collegio Romano e i seminaristi al Sant’ Apollinare.