Pietà di me, o Dio, secondo la tua misericordia;
nella tua grande bontà cancella il mio peccato.
Lavami da tutte le mie colpe,
mondami dal mio peccato.
Riconosco la mia colpa,
il mio peccato mi sta sempre dinanzi.
A San Clemente, la tappe del nostro pellegrinaggio virtuale, nella basilica inferiore, negli anni 417 e 499, vennero tenuti i Concilii indetti dai papi Zosimo I e Simmaco. Fu scoperta nel 1847 dal domenicano irlandese p. Mullooly scopre la basilica paleocristiana sotto l’attuale, ricostruita nel XII secolo. Dal XVII secolo, infatti, la basilica è affidata ai domenicani irlandesi, che dopo la breccia di Porta Pia alzarono intrepidi la bandiera irlandese, e che dalla metà del XIX secolo curano gli scavi sotto la basilica, che oggi sono tra i più visitati a Roma.
La basilica paleocristiana viene costruita nel IV secolo riutilizzando i muri di un grande edificio del III secolo. L’abside della chiesa viene costruita sopra un mitreo. Non si conosce esattamente la data di fondazione, ma intorno al 385, S. Girolamo scrive di S. Clemente, tra i primi successori di S. Pietro come vescovo di Roma, che “ancora oggi la sua memoria viene custodita da una chiesa costruita a Roma”. Ma dal IX secolo la chiesa inferiore custodisce anche la tomba di S. Cirillo, che insieme al fratello Metodio diffuse il cristianesimo tra i popoli slavi.
Nel 1084 Roberto il Guiscardo con i suoi soldati devastò il tempio che Pasquale II ricostruì vent'anni dopo seppellendo parte della basilica sotterranea. Anche Sisto V e Clemente XI vi fecero restauri avvalendosi di disegni del Fontana.
All'interno della chiesa domina il mosaico arbor vitae che stende i suoi rami tra il Cristo che trionfa tra gli Apostoli, le Vergini e i Dottori e mistiche città e fra tutte le creature.
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