E' stato Presidente della Conferenza Episcopale Cubana dal 1988 al 1998 e dal 2001 al 2007. Dal 1995 al 1999 è stato secondo Vice Presidente del CELAM.
Papa Francesco ha accolto la sua rinuncia per raggiunti limiti di età il 26 aprile 2016.
Da sempre molto vicino a Papa Francesco, a fine marzo 2013 - pochi giorni dopo la fine del conclave - ha pubblicato con l'autorizzazione del Papa l'intervento dell'allora Arcivescovo di Buenos Aires durante le congregazioni generali.
Questo l'intervento del Cardinale Jorge Mario Bergoglio, reso noto dal Cardinale Ortega:
Si è fatto riferimento all’evangelizzazione. È la ragion d’essere della Chiesa. "La dolce e confortante gioia di evangelizzare" (Paolo VI). È lo stesso Gesù Cristo che, da dentro, ci spinge.
1) Evangelizzare implica zelo apostolico. Evangelizzare presuppone nella Chiesa la "parresìa" di uscire da se stessa. La Chiesa è chiamata a uscire da se stessa e ad andare verso le periferie, non solo quelle geografiche, ma anche quelle esistenziali: quelle del mistero del peccato, del dolore, dell’ingiustizia, quelle dell’ignoranza e dell’assenza di fede, quelle del pensiero, quelle di ogni forma di miseria.
2) Quando la Chiesa non esce da se stessa per evangelizzare diviene autoreferenziale e allora si ammala (si pensi alla donna curva su se stessa del Vangelo). I mali che, nel trascorrere del tempo, affliggono le istituzioni ecclesiastiche hanno una radice nell’autoreferenzialità, in una sorta di narcisismo teologico. Nell’Apocalisse, Gesù dice che Lui sta sulla soglia e chiama. Evidentemente il testo si riferisce al fatto che Lui sta fuori dalla porta e bussa per entrare... Però a volte penso che Gesù bussi da dentro, perché lo lasciamo uscire. La Chiesa autoreferenziale pretende di tenere Gesù Cristo dentro di sé e non lo lascia uscire.
3) La Chiesa, quando è autoreferenziale, senza rendersene conto, crede di avere luce propria; smette di essere il "mysterium lunae" e dà luogo a quel male così grave che è la mondanità spirituale (secondo De Lubac, il male peggiore in cui può incorrere la Chiesa): quel vivere per darsi gloria gli uni con gli altri. Semplificando, ci sono due immagini di Chiesa: la Chiesa evangelizzatrice che esce da se stessa; quella del "Dei Verbum religiose audiens et fidenter proclamans" o la Chiesa mondana che vive in sé, da sé, per sé. Questo deve illuminare i possibili cambiamenti e riforme da realizzare per la salvezza delle anime.
4) Pensando al prossimo Papa: un uomo che, attraverso la contemplazione di Gesù Cristo e l’adorazione di Gesù Cristo, aiuti la Chiesa a uscire da se stessa verso le periferie esistenziali, che la aiuti a essere la madre feconda che vive "della dolce e confortante gioia dell’evangelizzare".
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